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アイテム
地衣化菌類の遺伝子進化速度の解析
https://ir.soken.ac.jp/records/5738
https://ir.soken.ac.jp/records/573894424d58-e258-4ce1-9a6e-1fe72c1419f0
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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研究成果報告書 (215.4 kB)
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| Item type | 科研費報告書 / Reports of Grants-in-Aid for Scientidic Research(1) | |||||
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| 公開日 | 2018-05-24 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | 地衣化菌類の遺伝子進化速度の解析 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | Analysis of evolutionary rate heterogeneity in lichenized fungi | |||||
| 言語 | en | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | 同義置換速度の不均一性 | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | 負の２項分布 | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | 祖先集団サイズ | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | オーソログとパラローグ | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | ガンマ分布 | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | 地衣化菌類 | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | 共生 | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | 同義置換速度 | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | ゲノム | |||||
| キーワード | ||||||
| 主題Scheme | Other | |||||
| 主題 | 分子進化 | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_18ws | |||||
| 資源タイプ | research report | |||||
| 著者 |
颯田, 葉子
× 颯田, 葉子 |
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| 著者名(英) |
SATTA, Yoko
× SATTA, Yoko |
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| 科研費研究者番号 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 20222010 | https://nrid.nii.ac.jp/ja/nrid/1000020222010/ | |||||
| 研究分野 | ||||||
| 値 | ゲノム進化学 | |||||
| 研究種目 | ||||||
| 値 | 挑戦的萌芽研究 | |||||
| 研究期間 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 2015～2016 | |||||
| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | 研究成果の概要(和文):突然変異率がゲノム全体で一様ではないことは、酵母を除いて、動物・植物・細菌でも知られるようになってきた。最近、私達の研究グループでは、地衣化菌類のサルオガセ属の４遺伝子間に蓄積する同義塩基置換数の有意な差を発見した。本研究では、この蓄積する塩基置換数の不均一性の地衣化菌類でのゲノムレベルの一般性とその原因を明らかにすることを目的としている。ハコネサルオガセとコフクレサルオガセの101遺伝子座の塩基配列を用いて、この不均一性を確認するとともにその進化的な要因を明らかにすることを試みた。その結果、この不均一性は遺伝子座間の同義置換速度の不均一性に起因することが示唆された。 研究成果の概要(英文):The heterogeneity of the mutation rate within a genome has been known for animals, plants, and bacterias, but the heterogeneity in fungal genomes has not been fully understood. Recently, our group found the presence of a large variation in the per-site synonymous divergences among four genes between two lichens, Usnea hakanensis and U. bismolliuscula. In this study we aim to analyze the generality of this heterogeneity in their genomes and to examine their causes. Synonymous divergences of nucleotide sequences from 101 loci from two species revealed a large range of divergences from 0.046 to 0.337. Several statistical tests concluded that this range was caused by the heterogeneity of synonymous substitution rates among loci. The extent of rate heterogeneity was estimated to be 0.176+-0.413/site/unit time. In future, we will examine biological causes for this heterogeneity by investigating the relationship with codon usages, gene expression and methylation. |
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| 内容記述 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 科学研究費補助金研究成果報告書 研究代表者:颯田葉子[ 総合研究大学院大学先導科学研究科教授] |
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| 発行日 | ||||||
| 日付 | 2017-08-23 | |||||
| 日付タイプ | Created | |||||
| 研究課題番号 | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 15K14582 | |||||
| 報告年度 | ||||||
| 値 | 2016 | |||||
| 関連サイト | ||||||
| 識別子タイプ | URI | |||||
| 関連識別子 | https://kaken.nii.ac.jp/search/?kw=%E5%9C%B0%E8%A1%A3%E5%8C%96%E8%8F%8C%E9%A1%9E%E3%81%AE%E9%81%BA%E4%BC%9D%E5%AD%90%E9%80%B2%E5%8C%96%E9%80%9F%E5%BA%A6%E3%81%AE%E8%A7%A3%E6%9E%90 | |||||
| 関連名称 | KAKEN(科学研究費補助金データーベース) | |||||
| 著者版フラグ | ||||||
| 出版タイプ | VoR | |||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 | |||||
| フォーマット | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | application/pdf | |||||
